Der Ort war schon zur Steinzeit besiedelt, das beweisen Grabungen des Landesdenkmalamts.
Wahrscheinlich gehörte Stetten dem altalamannischen Herzogshaus, denn nach einer Urkunde schenkte Graf Gerold (ein Schwager Karls des Grossen ) seinen Besitz zu Stetten 790 an das Kloster auf der Reichenau. 200 Jahre spatter vermachte Bischof Gebhard II seinen Besitz dem Kloster Petershausen. Dazu gehörten vermutlich nicht nur Grundstücke, sondern auch die Herrschaft über das Dorf.
Im 12. Jahhrhundert wurde eine Kapelle zu Ehren des heiligen Nikolaus errichtet. Wann die Grafen von Hohenzollern in den Besitz des Dorfes kamen ist nicht bekannt, sie an die Herren von Enzberg, die heute noch in ihrem Schloss in Mühlheim wohnen.
Wie unsere Gegend hatte Stetten arg zu leiden unter den ständigen Truppendurchzügen, Einquartierungen und Kriegskontributionen. Besonders im 30jährigen Krieg.
Die Freiherren von Enzberg führten eine Misswirtschaft, das Dorf wurde mehrmals verpfändet und an die Gläubiger abgetretten. Die Wallfahrt auf dem Welschenberg erwarb das Dorf. Ungefähr 100 Jahre stand das Dorf unter der Verwaltung des Wallfahrt. Dann entwickelten die Bürger Selbstbewusstsein und Selbständigkeit. Es kam zu heftigen Auseinandersetzungen zwischen Bürger und Freiherren.
Ende des 18. Jahrhunderts gelang es der Bürgerschaft sich unabhängig zu machen.
Im Zuge der grosse Veränderungen nach den napoleonischen Kriegen kam die Gegend zum Königreich Württemberg.
Die Stettener lebten bis ins 19. Jahrhundert fast ausschliesslich von der Landwirtschaft. Überschüsse wurden auf den Märkten verkauft. Allmählich betrieben immer mehr Einwohner ein klein Handwerk. Nach dem Bau der Donautalbahn verdienten viele Einwohner ihr Brot in den Tuttlingen Fabriken.
Seit 1971 ist Stetten ein Stadtteil Mühlheim. Erzeugnisse der ansässigen Medizintechnikbetriebe gehen in die ganze Welt.
100teilige Taschenmesser der Messerschmiede Lang finden sich in vielen Metropolen der Welt.